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Gen Kategorie VUS

Frage
Sehr geehrte Damen und Herren,
was bedeutet das Gen
c.2834+5G>A

Mit freundlichen Grüßen
K.F.
Antwort
Liebe(r) Fragender,

c.2834+5G>A bedeutet, dass
- an der Position 2834 er für das CFTR-Protein kodierenden cDNA-Sequenz (c.)
- fünf bp weiter in die nichtkodierende Sequenz gezählt werden muss (+5)
- und das an der Position 2834+5 nicht das erwartete G (Guanin) sondern ein A (Adenosin) steht.

Gene sind aus Exons und Introns aufgebaut - das CFTR-Gen hat 27 Exons, die dazwischenliegenden Introns sind auf der genomischen DNA vorhanden, werden aber nicht verwendet, um aus der codierenden Exon-Sequenz (c.) das CFTR-Eiweiss zu abzulesen. Der Vorgang, bei dem die 27 Exons aneinandergesetzt und die Introns herausgeschnitten werden, heißt Splicen - wenn das Splicen fehlerfrei funktioniert, bekommt man also auch bei der Variant-of-unknown-significance (VUS) c.2834+5A>G regelgerecht funktionierendes CFTR-Eiweiss, denn in der codierenden Sequenz ist nichts falsch.

Leider ist für die meisten intronischen Sequenzaustausche unklar, ob sie einen Einfluss auf den Splicevorgang der CFTR-Sequenz haben - es könnte sein, dass das schlechter funktioniert, wenn an der Position 2834+5 ein A steht anstatt des G. Vorhersagen, was ein solcher Nukleotidaustausch bewirkt, sind zur klinischen Beurteilung solcher Sequenzvariationen leider nicht brauchbar, so dass solche Varianten als VUS, also Sequenzvariation mit unklarer Bedeutung für die Funktionsfähigkeit des CFTR-Proteins, eingeordnet werden.

Mit den besten Grüßen,
Frauke Stanke
24.01.2025
Die Antwort wurde erstellt von: Dr. Frauke Stanke